1．按论文资料来源分类
根据医学论文使用资料的来源，通常将论文分为编著和原著两大类。
编著论文：论文的主要内容来源于已经发表的资料，即以间接资料为主，属于第三次文献，其中以综述为代表。我们要特别提出荟萃分析（meta分析），中文定义译为：对具备特定条件的、同课题的诸多研究结果进行综合的一类统计方法。 原著论文：又称为原始论文，是作者经过具体选题所进行的调查研究、实验研究、临床研究的结果和临床工作经验的总结，是作者的第一手资料(即直接资料)，它的主要代表形式是论著。2.按医学学科及课题的性质分类
按医学学科及课题的性质可以分为基础医学论文和临床医学论文。
基础医学论文：研究人体的解剖和生理功能、致病因素以及人体对致病因素的入侵和药物或其他治疗措施的干预所做出的反应，认识健康和疾病相互转化的规律成为基础医学；
临床医学论文：临床医学是研究人体各系统疾病发生的机制、诊断和治疗，促进疾病向健康转化以及其中的学科，有理论研究和技术报告，目前属回顾性总结分析的论文较多。
3．按论文写作目的分类
按论文写作目的可以分为学术论文和学位论文 学术论文：学术论文是对医学科学领域中的问题进行总结、研究、探讨，表述医学研究的成果和理论性的突破，并对科学实验或技术开发中取得新成就的文字总结，作为信息进行交流。学术论文类型多种多样；
学位论文：学位论文是为了用来申请授予相应的学位或某学科学术职称资格而写的论文。作为考核及评审的文件，用以表明作者从事科研取得的成果和独立从事科研工作的能力。学位论文包括毕业论文、学士论文、硕士论文、博士论文。
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